Троянският манастир е бил и убежище на хайдути и революционери. Тук през 1872г. Васил Левски организира таен революционен монашески комитет, начело с игумена Макарий. При избухването на Априлското въстание в манастира е бил разкрит команден пункт на воеводите Панайот Волов, Георги Икономов и Тома Хитров. И до днес е запазена в автентичния си вид килията, в която са били обсъждани революционните дела. По време на Руско-Турската освободителна война отец Макарий трансформира комплекса в лазарет за руските войници.